Napoléon đã tiến hành những cải cách lâu dài, liên quan đến giáo dục bậc cao, một đạo luật thuế, hệ thống đường sá và cống thoát nước, và thiết lập nên Ngân hàng Pháp (Banque de France — ngân hàng trung ương của Pháp). Ông thương lượng Giáo ước 1801 với Giáo hội Công giáo, tìm cách hòa giải với dân chúng hầu hết theo Công giáo với nền cai trị của ông. Nó được ban hành song song với Bộ Điều khoản Cơ bản (Les Articles Organiques), bộ luật chỉnh đốn tín ngưỡng dân chúng ở Pháp. Cùng năm đó, Bonaparte trở thành Chủ tịch Viện Hàn lâm Khoa học Pháp và bổ nhiệm Jean Baptiste Joseph Delambre làm Thư ký Thường trực[65].

Tháng Năm 1802, ông lập nên Bắc Đẩu Bội tinh (tiếng Pháp là Légion d'honneur, nghĩa là "Binh đoàn danh dự"), một sự thay thế cho các huân chương hoàng gia và tước hiệu hiệp sĩ cũ, để khuyến khích các thành tích quân sự lẫn dân sự; huân chương này hiện vẫn là phần thưởng danh dự cao nhất ở Pháp ngày nay[163]. Quyền lực ông được tăng cường nhờ Hiến pháp Năm X do ông chỉ đạo biên soạn: "Điều 1. Nhân dân Pháp chỉ đinh, và Thượng viện tấn phong Napoléon-Bonaparte là Tổng tài Thứ nhất suốt đời[164]. Chính sau văn bản này mà ông thường được gọi là Napoléon thay vì Bonaparte[31].

Bộ luật dân sự của Napoléon, Code Civil — nay thường được biết dưới tên Bộ luật Napoléon — được chuẩn bị bởi hai viện lập pháp dưới sự giám sát của Jean Jacques Régis de Cambacérès, vị Tổng tài thứ hai. Napoléon tham gia tích cực vào các phiên họp của Hội đồng Nhà nước để sửa chữa bản thảo. Sự phát triển bộ luật là một thay đổi căn bản về bản chất của hệ thống luật dân sự với sự nhấn mạnh rõ ràng lên các luật phải được viết rõ ràng và có thể tiếp cận được. Các bộ luật khác do Napoléon ấn định nhằm hệ thống hóa luật thương mại và luật hình sự; một Hướng dẫn Luật Hình sự thiết lập lần đầu tiên một cách quy củ các quy trình tố tụng[165].

Trong số các cải cách của Napoléon, đáng kể nhất là luật pháp và hệ thống đo lường. Về ý nghĩa các cải cách của Napoléon, xem phần Di sản.

Bộ luật Napoléon

Bộ luật Napoléon được tiếp nhận trên phần lớn châu Âu, dù chỉ trong những vùng đất ông chinh phục được, và được duy trì ngay cả sau thất bại của ông. Napoléon từng nói: "Vinh quang thực sự của tôi không phải là thắng 40 trận chiến...Waterloo sẽ xóa sạch ký ức về rất nhiều chiến thắng như vậy.... Nhưng...thứ sẽ tồn tại mãi mãi, đó là Bộ luật Dân sự của tôi"[166]. Bộ luật vẫn có tầm quan trọng ngày nay trên một phần tư hệ thống luật thế giới bao gồm ở châu Âu, châu Mỹ và châu Phi[167].

Đánh giá tầm ảnh hưởng của nó tới Đức, Dieter Langewiesche mô tả bộ luật như một "dự án cách mạng" khuyến khích sự phát triển của một xã hội tư sản ở miền Đức bằng việc mở rộng quyền đối với tài sản tư hữu và một sự đẩy nhanh kết thúc của chế độ phong kiến. Napoléon đã tái cấu trúc thứ từng là Đế quốc La Mã Thần thánh, tạo nên từ hơn một nghìn lãnh địa lớn nhỏ, thành một Liên bang sông Rhine gồm bốn mươi bang; điều này cung cấp cơ sở cho Liên bang Đức và sự thống nhất nước Đức năm 1871[168].

Phong trào hướng tới thống nhất dân tộc ở Ý cũng được thúc đẩy một cách tương tự bởi sự cầm quyền của Napoléon[169]. Những sự thay đổi này góp phần vào sự phát triển nói chung của chủ nghĩa dân tộc và quốc gia dân tộc[170].

Hệ thống đo lường

Việc ban hành chính thức hệ thống đo lường vào tháng Chín 1799 không được biết đến nhiều trong nhiều tầng lớp xã hội Pháp, và nền cai trị của Napoléon đã khuyến khích mạnh mẽ sự tiếp nhận những tiêu chuẩn mới không chỉ trên nước Pháp mà cả những lãnh thổ trong phạm vi ảnh hưởng của Pháp. Napoléon rốt cục lại có một bước đi thụt lùi vào 1812 khi ông thông qua đạo luật giới thiệu mesures usuelles (những đơn vị đo lường truyền thống) cho các giao dịch bán lẻ[171] — một hệ thống đo lường tương tự những đơn vị trước Cách mạng nhưng dựa trên kilôgam và mét; chẳng hạn như "bảng hệ mét" (livre metrique) bằng 500 g[172] thay vì 489.5 g—giá trị livre du roi (bảng nhà vua)[173]. Các đơn vị khác quay trở lại theo cách tương tự. Dù vậy điều này ít nhất đã thiết lập cơ sở để đưa ra dứt khoát hệ mét trên khắp châu Âu vào giữa thế kỷ XIX[174].